Wenn X mit einer Farbpalette läuft (d.h. mit 256 Farben), bekommt i.d.R. jedes Programm seine eigene Farbpalette (bzw. kann sie sich erstellen). Wenn man dann mit der Maus in das Fenster des Programms geht, wird die Palette aktiv und das eine Fenster wird richtig dargestellt, während alles rundherum im Farbenchaos untergeht.
Lösung: Auf mehr als 256 Farben umstellen. Geht in der /etc/XF86Config mit der Option DefaultColorDepth in der Section, die die Einstellungen deiner Grafikhardware (mit den Auflösungen usw.) beschreibt. Gültige Werte sind 8, 15, 16, 24, 32 (falls von der Hardware unterstützt.) Also zum Beispiel:
(...) Section "Screen" Driver "SVGA" Device "Riva128-SVGA" Monitor "Noname" DefaultColorDepth 16 BlankTime 5 SuspendTime 15 OffTime 25 SubSection "Display" Depth 8 Modes "1280x1024" "1152x864" "1024x768" "800x600" "640x480" ViewPort 0 0 EndSubSection (...)
Man kann auch probeweise erst einmal startx -- -bpp 16 starten. (Das funktioniert allerdings nicht immer, je nach dem wie das Skript startx aufgebaut ist.)
Hier wurde jetzt auch gleich eine Möglichkeit verraten, wie man den Monitor in den DPMS-Tiefschlaf schicken kann